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R에서 작업하는 동안 모든 패키지 분리

itmemos 2023. 7. 11. 21:35
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R에서 작업하는 동안 모든 패키지 분리

다른 문제를 해결하기 위해 작업하는 동안 다음과 같은 문제가 발생했습니다.

다음을 통해 모든 R 개체를 제거할 수 있습니다.

rm(list = ls(all = TRUE))

작업 세션 중에 설치된 패키지를 분리할 수 있는 동등한 명령이 있습니까?

> sessionInfo()
R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

required(ggplot2)

Loading required package: ggplot2
Loading required package: reshape
Loading required package: plyr

Attaching package: 'reshape'

The following object(s) are masked from 'package:plyr':

    round_any

Loading required package: grid
Loading required package: proto

sessionInfo()

R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.1 reshape_0.8.4 plyr_1.4

글로벌 솔루션이 아니더라도 저는 이러한 방법을 시도했습니다.

pkg <- c("package:ggplot2_0.8.9", "package:proto_0.3-9.1", "package:reshape_0.8.4",  "package:plyr_1.4")

 detach(pkg, character.only = TRUE)

Error in detach(pkg, character.only = TRUE) : invalid 'name' argument
In addition: Warning message:
In if (is.na(pos)) stop("invalid 'name' argument") :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

제가 찾고 있는 것은 다음과 같은 글로벌한 것입니다.

  rm(list = ls(all = TRUE))

개체의 경우 연결된 기본 패키지를 제거하지 않을 것으로 예상합니다.

감사합니다;

그래서, 누군가는 다음과 같이 간단히 대답했어야 합니다.

lapply(paste('package:',names(sessionInfo()$otherPkgs),sep=""),detach,character.only=TRUE,unload=TRUE)

(편집: 6-28-19) R 3.6.0의 최신 버전에서는 대신 사용하십시오.

invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE, unload=TRUE))

보이지 않음(*)을 사용할 필요는 없지만 NULL 응답이 R 창에 수직으로 스팸을 보내는 것을 방지하는 데 유용할 수 있습니다.

(편집: 2019년 9월 20일) 버전 3.6.1

로드된 항목만 변환하는 것이 도움이 될 수 있습니다.names(sessionInfo()$loadedOnly)먼저 명시적으로 패키지를 연결한 다음 패키지를 분리합니다.

lapply(names(sessionInfo()$loadedOnly), require, character.only = TRUE)
invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE, unload=TRUE, force=TRUE))

$basePkgs를 통해 기본 패키지를 언로드하고 다음을 사용할 수 있습니다.unloadNamespace(loadedNamespaces())그러나 일반적으로 이들은 오류로 가득 차 있으며 다음과 같은 기본 기능이 손상될 수 있습니다.sessionInfo()오류만 반환합니다.이 문제는 일반적으로 원래 패키지 설계의 가역성 부족으로 인해 발생합니다.현재의timeDate예를 들어, 되돌릴 수 없을 정도로 부서질 수 있습니다.

(편집: 9/24/20) 버전 4.0.2 다음은 먼저 테스트할 패키지를 로드한 다음 패키지 "베이스" 및 "유틸리티"를 제외한 모든 패키지를 완전히 분리하는 시퀀스를 제공합니다.이러한 패키지는 분리하지 않는 것이 좋습니다.

    invisible(suppressMessages(suppressWarnings(lapply(c("gsl","fBasics","stringr","stringi","Rmpfr"), require, character.only = TRUE))))
    invisible(suppressMessages(suppressWarnings(lapply(names(sessionInfo()$loadedOnly), require, character.only = TRUE))))
    sessionInfo()

    #the above is a test

    invisible(lapply(paste0('package:', c("stringr","fBasics")), detach, character.only=TRUE,unload=TRUE))
    #In the line above, I have inserted by hand what I know the package dependencies to be. A user must know this a priori or have their own automated
    #method to discover it. Without removing dependencies first, the user will have to cycle through loading namespaces and then detaching otherPkgs a
    #second time through.
    invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE,unload=TRUE))

    bspkgs.nb<-sessionInfo()$basePkgs[sessionInfo()$basePkgs!="base"]
    bspkgs.nbu<-bspkgs.nb[bspkgs.nb!="utils"]
    names(bspkgs.nbu)<-bspkgs.nbu
    suppressMessages(invisible(lapply(paste0('package:', names(bspkgs.nbu)), detach, character.only=TRUE,unload=TRUE)))

    #again this thoroughly removes all packages and loaded namespaces except for base packages "base" and "utils" (which is highly not recommended).

다음을 시도해 보십시오.

detachAllPackages <- function() {

  basic.packages <- c("package:stats","package:graphics","package:grDevices","package:utils","package:datasets","package:methods","package:base")

  package.list <- search()[ifelse(unlist(gregexpr("package:",search()))==1,TRUE,FALSE)]

  package.list <- setdiff(package.list,basic.packages)

  if (length(package.list)>0)  for (package in package.list) detach(package, character.only=TRUE)

}

detachAllPackages()

nothing

로맹 프랑수아가 제공한 솔루션을 추가할 가치가 있을 수 있습니다.현재 GitHub에서 사용할 수 있는 패키지를 로드하면 Romain에서 제공하는 예와 같이 로드된 모든 패키지가 언로드됩니다.

loadedNamespaces()
[1] "base"      "datasets"  "grDevices" "graphics"  "methods"   "stats"
[7] "utils"

require(nothing, quietly = TRUE)

loadedNamespaces()
[1] "base"

설치

패키지 사용 시:

devtools::install_github("romainfrancois/nothing")

pacman

대안적인 접근 방식은 CRAN을 통해 제공되는 패키지를 사용합니다.

pacman::p_unload(pacman::p_loaded(), character.only = TRUE)

아슬아슬했어요.주의할 점?detach첫 번째 주장에 대해 말해야 합니다.name의detach():

인수:

name: The object to detach.  Defaults to ‘search()[pos]’.  This can
      be an unquoted name or a character string but _not_ a
      character vector.  If a number is supplied this is taken as
      ‘pos’.

그래서 우리는 반복적으로 전화를 해야 합니다.detach()한 요소당 한 번pkg이 작업을 수행하려면 몇 가지 다른 인수를 지정해야 합니다.첫번째는character.only = TRUE함수가 다음과 같이 가정할 수 있습니다.name문자열입니다. 문자열이 없으면 작동하지 않습니다.둘째, 연결된 네임스페이스도 언로드할 수 있습니다.이는 설정을 통해 달성할 수 있습니다.unload = TRUE따라서 해결책은 다음과 같습니다.

pkg <- c("package:vegan","package:permute")
lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)

다음은 전체 예입니다.

> require(vegan)
Loading required package: vegan
Loading required package: permute
This is vegan 2.0-0
> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

other attached packages:
[1] vegan_2.0-0   permute_0.7-0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1   
> pkg <- c("package:vegan","package:permute")
> lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)
[[1]]
NULL

[[2]]
NULL

> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1

이 이것을, 이함수로의참코오시십에 있는 하세요.sessionInfo()레이블이 "기타 첨부 패키지:"로 표시되는 항목을 식별하는 방법을 확인합니다.그 코드 조각을 위의 아이디어와 단일 기능으로 결합하면 당신은 집에 있고 건조합니다.하지만 그 부분은 당신에게 맡기겠습니다.

Gavin의 답변을 기반으로 하지만 완전히 기능하지는 않는 것은 다음과 같습니다.

sess.pkgs <- function (package = NULL) 
{   z <- list()
       if (is.null(package)) {
        package <- grep("^package:", search(), value = TRUE)
        keep <- sapply(package, function(x) x == "package:base" || 
            !is.null(attr(as.environment(x), "path")))
        package <- sub("^package:", "", package[keep])
    }
    pkgDesc <- lapply(package, packageDescription)
    if (length(package) == 0) 
        stop("no valid packages were specified")
    basePkgs <- sapply(pkgDesc, function(x) !is.null(x$Priority) && 
        x$Priority == "base")
    z$basePkgs <- package[basePkgs]
    if (any(!basePkgs)) {
        z$otherPkgs <-  package[!basePkgs]
    }
    z
}

lapply(paste("package:",sess.pkgs()$otherPkgs, sep=""), detach, 
                             character.only = TRUE, unload = TRUE)

또는 RStudio를 사용하는 경우 패키지 탭에서 확인란을 모두 선택 취소하여 분리하기만 하면 됩니다.

#Detach all  packages
detachAllPackages <- function() {

  basic.packages <- c("package:stats","package:graphics","package:grDevices","package:utils","package:datasets","package:methods","package:base")

  package.list <- search()[ifelse(unlist(gregexpr("package:",search()))==1,TRUE,FALSE)]

  package.list <- setdiff(package.list,basic.packages)

  if (length(package.list)>0)  for (package in package.list) detach(package, character.only=TRUE)

}

detachAllPackages()

이렇게 하면 기본 패키지를 제외한 모든 패키지가 분리됩니다.

대부분의 경우 그것은plyr 대dplyr문제. 코드의 시작 부분에 사용합니다.

detach("package:plyr", unload=TRUE)

실행될 ▁the▁runs를 지웁니다.plyr

다양한 답변의 비트를 결합하여 제가 찾을 수 있는 가장 강력한 솔루션을 제공했습니다.

packs <- c(names(sessionInfo()$otherPkgs), names(sessionInfo()$loadedOnly))
if(length(packs) > 0){ 
  message('Unloading packages -- if any problems occur, please try this from a fresh R session')
  while(length(packs) > 0){
    newpacks <- c()
    for(packi in 1:length(packs)){
      u=try(unloadNamespace(packs[packi]))
      if(class(u) %in% 'try-error') newpacks <- c(newpacks,packs[packi])
    }
    packs <- newpacks
    Sys.sleep(.1)
  }
}

첨부된 패키지를 모두 제거하려면 아래와 같이 하면 어떨까요?

intialPackages = search() # added as 1st line of R script to get list of default packages
# below lines are added when newly attached packages needs to be removed
newPackages = search()[!(search() %in% intialPackages)]
try(sapply(newPackages, detach, character.only=TRUE, unload=TRUE, force=TRUE), silent=TRUE)

유사한 이름의 함수가 서로 충돌하는 패키지에 문제가 있는 경우 원하는 함수의 패키지 네임스페이스를 언제든지 참조할 수 있습니다.

pkg_name::function_i_want()

언급URL : https://stackoverflow.com/questions/7505547/detach-all-packages-while-working-in-r

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